红山文化存续的年代大体为距今6500年至5000年之间，文化延续了1500年之久。红山文化遗物有相当一部分为采集所得，已发掘的遗址中层位关系保存较好的不多，所以有关红山文化的分期仍然是红山文化研究中的难点。

对于红山文化的分期，已有很多观点提出。学术界对红山文化分期的认识以及诸遗存的期别归属分歧较大，有两期说、三期、四期说等。

考古学文化的分期要结合绝对年代，而绝对年代要通过测年技术比如碳十四测年来测定。虽然现代技术日益进步，像碳十四这种测年技术越来越精确，但这并不意昧着单纯依靠测年技术就能够完全解决考古学文化的分期问题。就考古学文化分期来说，主要依靠的是地层学和类型学。地层学提供了相对年代早晚关系的根据，而对遗存本身的研究主要依靠类型学的比较来完成[1]。

一、两期说

高美漩先生和李恭笃先生在“辽宁凌源县三官甸子城子山红山文化遗存分期探索”一文中[2]，以凌源三官甸子城子山红山文化遗址的地层为依据，结合东山嘴、胡头沟等地点的材料，进行一次分期探索。认为分布在朝阳地区的红山文化（以东山嘴、城子山、胡头沟3个遗址为代表)与分布在赤峰地区的红山文化（以红山后、西水泉、四稜山3个遗址为代表）相比较，在文化内容上呈现出明显的区别。赤峰地区红山文化的生产工具，以富有特征性的大型石耜、制作精致的桂叶形石刀、石磨盘、石磨棒为代表。细石器异常丰富。陶器以各种不同形制的直筒罐、钵形器、斜口器（偏口器）、红陶壶、深腹罐为代表器物。陶器器物种类少，器形小。陶纹简单富于变化。器底多印有不同纹样的编织纹。朝阳地区的红山文化不然。石耜、打制石器、细石器大量减少，磨制石器比例增加。桂叶形石刀被长条形弧背石刀代替。陶器出现许多以前未有的特点。黑陶豆、三足器、镂孔葫芦瓶、大型无底筒形器等新器类及涂朱、方格纹陶片出现。彩陶花纹出现相叠压三角纹、方格纹、三角形人字纹等。这些内容在赤峰地区的红山文化中非常罕见，而缽形器、直筒罐、斜口器在朝阳地区红山文化中则格外少见。

该文进而把赤峰地区以红山后、西水泉、四稜山遗址为代表的红山文化遗存统称为 “红山后类型”，而把朝阳地区以东山嘴、城子山、胡头沟遗址为代表的红山文化遗存统称为“城子山类型”，认为这两个类型在文化内容上呈现明显不同的特点，是红山文化发展的早晚两个时期。

吉林大学边疆考古研究中心赵宾福先生将红山文化分为早晚两个阶段，较早阶段为 “西水泉期”，年代跨度比较长，大致为公元前4500年至公元前3500左右；较晚阶段为“东山嘴期”，年代跨度较小，大致为公元前3500年至公元前3000年左右[3]。赵先生和研究生薛振华在“辽宁朝阳小东山红山文化遗存的分期研究”一文中[4]，认为辽宁朝阳小东山遗址出土的红山文化遗存，整体上相当于以西水泉遗址和红山后等遗址为代表的红山文化西水泉期。

二、三期说

中国社会科学院杨虎先生曾把红山文化分为3种类型，一是兴隆洼F133遗存、二是西水泉类型（以西水泉遗址为代表，包括赤峰红山后、蜘蛛山和三道湾子等遗址）、三是东山嘴类型（以东山嘴遗址为代表，包括牛河梁、城子山、胡头沟等遗址)。认为这3种类型分别属于红山文化早中晚3个发展阶段[5]。在“辽西地区新石器——铜石并用时代考古学文化序列与分期”一文中[6]，认为这3个发展阶段分别属于辽西地区铜石并用时代的早期、中期以及晚期前段。

辽宁大学历史学院张星德教授在“红山文化分期初探”一文中[7]，认为红山文化遗存有相当部分为采集所得，经发掘的几处遗址中好的层位关系较少，并且有好的器物组合的单位又极少见，所以对该文化进行分期研究仍然面临着较大的困难。该文从经过发掘又有层位可考的几处遗址的遗存进行比较入手，并对该文化的常见器物进行排比，分析其组合关系，从而了解红山文化在其发展过程中的阶段性变化。该文将红山文化分为早、中、晚3期。那斯台、大沁他拉、红山后遗址处于红山文化早、中、晚期；海金山、蜘蛛山处于红山文化早期；牛河梁和东山嘴、胡头沟遗址处于红山文化晚期；西水泉处于红山文化早、中期；三道湾子遗址处于红山文化中期；四稜山处于红山文化早、晚期；城子山、沙锅屯遗址处于红山文化的中、晚期。红山文化早、中、晚3期的相对年代分别与后冈一期文化、庙底沟文化和半坡四期文化相当。红山文化的绝对年代估定：上限距今6000年，下限不晚于5000年，其主要遗存距今5500年左右。